蛋白质的C端（C-terminus）不仅决定了其在细胞内的定位、稳定性及活性，还参与多种关键生物过程，如泛素化降解、信号转导调控、剪切激活等。相较于蛋白N端，C端的结构更为多样，且常常涉及翻译后修饰或与其他分子相互作用，是探索新型药物靶点、揭示疾病机制的重要入口。然而，C端肽段的检测一直面临技术瓶颈。传统蛋白质组学方法难以有效富集和解析C端信息，原因包括酶解位点分布不均、肽段长度短、质谱响应性低等。如何构建一套高灵敏、高特异、高通量的C端测序策略，成为当前蛋白质组学领域的重要课题。

一、C端测序的技术难点

1、非特异性酶解干扰C端识别

常用的胰蛋白酶（Trypsin）在碱性氨基酸残基（K、R）处切割，产生的肽段常包含中间区域信息。由于C端多为酸性或非极性残基，缺乏特异性酶切位点，导致测序过程中C端肽段容易被其他中间肽段“淹没”，影响识别效率。

2、C端肽段性质复杂，质谱响应性低

C端肽段常常短小、疏水，或者存在翻译后修饰（如羧基酰胺化、磷酸化），这使得其在质谱中离子化效率差、信噪比低，即便被捕获也难以高置信度鉴定。

3、缺乏靶向富集策略

大多数蛋白质组学策略依赖全肽段非选择性分析，缺乏专一富集C端的手段，导致覆盖率和特异性难以兼顾。

二、化学标签策略：实现C端肽段高效富集

为解决上述挑战，研究者开发了多种基于化学标记与纯化的C端富集方法，主要分为以下两类：

1、羧基选择性修饰与阻断

利用羧基选择性反应（如2-PCA、EDC/NHS耦合）可在蛋白C端或肽段羧基位置添加特定标签。这些标签可进一步用于纯化、富集、或者阻断非目标位点的反应，从而提高C端特异性。

2、固相结合与选择性洗脱

通过化学修饰后将C端肽段固定于固相载体（如亲和树脂、磁珠），在酶解或洗脱过程中选择性释放C端肽段。这种方法可有效剔除背景中间肽段，提高目标识别率。

💡这些策略不仅提升了C端肽段的相对丰度，还大大增强了质谱检测灵敏度，为下游高通量分析创造条件。

三、质谱平台升级：从DDA到DIA的跨越

1、DIA模式下C端识别更全面

Data-Independent Acquisition（DIA）技术近年来快速发展，其全谱采集模式显著提升了低丰度肽段的检测能力。相比传统的Data-Dependent Acquisition（DDA），DIA不再依赖采集强度选择目标，而是对所有肽段信号一网打尽。结合针对C端肽段构建的特征谱图库，DIA可实现精准识别与定量，尤其适合复杂样本中的C端特异性检测。

2、高分辨质谱平台带来精准测序

如Orbitrap Exploris 480、Q Exactive HF-X等高端质谱仪具备更高分辨率、更快扫描速度和更宽动态范围，能清晰分辨低丰度、相似质量的C端肽段。配合纳流LC系统，极大提升了整体灵敏度与数据重现性。

四、生信算法与数据库优化：补齐识别盲区

1、自定义数据库匹配提高准确性

传统数据库多以全蛋白序列构建，针对C端位点的识别灵敏度不足。通过引入特定“decoy”序列、模拟C端剪切形式，可提升搜索引擎对真实C端的识别能力。

2、AI算法提升谱图识别率

随着机器学习与深度神经网络的引入，生信平台可对弱信号谱图进行智能二次打分。即便是低质量、弱响应的C端肽段，也可通过模型识别出潜在结构，从而显著降低假阴性率。

💡这些策略为C端测序提供了数据层面的保障，使整个流程更智能、高效。

随着蛋白质组学技术的不断演进，C端测序正逐步从“小众难题”迈向“大规模应用”。通过整合化学富集策略、先进质谱平台与智能算法支持，研究者得以实现对蛋白C端的高灵敏、高通量解析。百泰派克生物科技构建了标准化、高通量的C端测序平台，已服务于多家科研院所与生物医药企业，为蛋白功能研究与药物开发提供有力支持。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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